Pour enregistrer un fichier, vous pouvez utiliser le menu , l'icône Enregistrer de la barre d'outils ou le raccourci clavier Ctrl-S.
Si le fichier n'existe pas encore sur le disque, le dialogue suivant apparaît :
Si le fichier existe déjà sur le disque, aucun dialogue n'apparaît. On suppose que le nom du fichier ne change pas.
Quand un document a été modifié, son nom apparaît en rouge dans l'onglet du document. De même, le chemin complet des documents modifiés apparaît en rouge dans la liste des documents ouverts quand on fait un clic droit sur un onglet de document.
Par défaut, une sauvegarde est effectuée pendant l'enregistrement. Le fichier originel est copié sous le même nom avec un suffixe ~. Ce suffixe et l'action de sauvegarde peuvent être modifiés dans l'onglet Fichiers des Préférences.
Avant d'enregistrer le fichier, Bluefish compare le fichier sur le disque avec la version du document sur la base de l'heure de la dernière modification et de la taille du fichier. L'heure de la dernière modification n'est pas toujours très précise, en particulier sur les volumes samba. De ce fait, il peut arriver que Bluefish croit qu'un fichier a été modifié, alors qu'il ne l'a pas été. On peut changer le mode de comparaison dans l'onglet Fichiers des Préférences.
On peut également enregistrer un document sous un nouveau nom, via l'article de menu (Maj.-Ctrl-S) ou l'icône Enregistrer sous... de la barre d'outils principale. Le fichier originel n'est pas détruit.
Pour enregistrer tous les fichiers modifiés, utilisez l'article de menu → . Tous les fichiers modifiés seront sauvegardés et un dialogue apparaîtra pour tous les nouveaux fichiers.